OntoBiotope

OntoBiotope est une ontologie des habitats des microorganismes. Son principe de modélisation et son lexique reflètent la classification des biotopes utilisée par les biologistes pour décrire les sites d’isolement des microorganismes (p. ex. GenBank, GOLD, ATCC). OntoBiotope est développée et maintenue par le réseau Méta-omiques & écosystèmes microbiens (MEM) auquel participent 30 microbiologistes de l’INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) issus de tous les domaines de la microbiologie appliquée. La pertinence des termes OntoBiotope est évaluée par le moteur de recherche sémantique PubMedBiotope. Il identifie et catégorise les biotopes microbiens dans tous les résumés de PubMed en appliquant la méthode ToMap (Text to Ontology Mapping) à l’ontologie OntoBiotope. Il indexe également 3,35 millions de relations entre les taxons et leurs habitats.


Retrouvez toutes les informations sur ONTOBIOTOPE dans Data INRAE:  https://doi.org/10.15454/1.4382640528105164E12

Visualisez-la dans AgroPortal : http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/ONTOBIOTOPE

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